Die meisten Fälle einer wieder auftretenden Giardiose nach Therapie sind wahrscheinlich Neuinfektionen (Aufnahme von Giardienzysten aus der Umgebung). Dennoch treten vermutlich auch Resistenzen auf. Wie bereits erwähnt ist eine nachhaltige Besserung des Durchfalls ein guter Indikator für eine erfolgreiche Behandlung. Um den Erfolg einer Giardienbehandlung genauer zu untersuchen, sollten man einen Schnelltest bis höchstens 5 Tage nach Ende der Behandlung durchführen. Alle Proben die danach positiv sind könnten auch dies auch aufgrund von Reinfektionen sein.